信頼できる実験データと構造情報を得るために

From reliable experimental data to reliable structural data 

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※現地参加でお申し込みいただいた方には、後日受付用QRコードをメールで送付いたします。当日はそちらの画面を必ずお持ちください。

  

細胞内過程のメカニズム解明には生体高分子の構造情報は必須であり、これを使うことで細胞機能を制御することが可能です。このため、構造情報はケミカルプローブの開発や創薬の基盤としても使われてきました。結晶構造解析の分野では、増え続ける構造情報に対するニーズに対応するため、回折強度測定から解析に至るまでの多くのプロセスが自動化され、誰もがそれなりの信頼性をもって解析を行うことが可能になりつつあります。しかし一方で、自動化が進むことで結晶学の基礎を学ぶ必要性が減り、信頼できる構造情報を得るための知識までもが失われていく危険性に晒されています。 さらに、様々な分野と構造生物分野の共同研究が行われることで、迅速に結果を求めらることも増え、どの様にしたら素早く信頼度の高い構造を得られるのかは、常に大きな問題です。このシンポジウムでは、どの様にして素早く高精度のデータ収集し正確な構造を得るか、この昔からあるテーマに焦点をあてて、米国バージニア大からHKL2000などのプログラム開発で高名なWladek Minor教授を迎えるとともに、5名の方に講演を依頼しました。信頼に足る構造を得ることに対する問題意識を共有する機会としたいと思います。

Structural information of biological macromolecules is essential for elucidating the mechanisms of intracellular processes and can be used to control cellular functions. Therefore, it has been used as a basis for chemical probe development and drug discovery. In the field of protein crystallography, to meet the increasing demand for structural information, many processes of structure determination have been automated, allowing anyone to perform structural analysis with a reasonable degree of reliability. This is probably true in other structural fields as well. At the same time, however, there is a danger that increased automation will reduce the need to learn the theory of crystallography, and even the knowledge to obtain reliable structural information will be lost. In addition, as structural biology research is conducted in collaboration with various fields of life sciences, rapid structure determination is required, and the method to quickly obtain reliable structures is always a major issue.
  In this symposium, we would like to focus on the topic of how to obtain reliable data and structures quickly.

【Date】
 March 2(Saturday), 2024, 10:00 a.m.

【Venue】
 AP Nihonbashi (Tokyo) (AP日本橋・東京)

【Participation Fee】
  Free

【Speakers】
  Wladek Minor (The University of Virginia)
  Yusuke Yamada (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))
  Keitaro Yamashita (The University of Tokyo)
  Miki Senda (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))
  Tadashi Satoh (AgroDesign Studios)
  Koh Takeuchi (The University of Tokyo)
  Raymond Burton-Smith (National Institute for Physiological Sciences (NIPS))

Organizers】
 Toshiya Senda (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))
 Leonard Chavas (Nagoya University)


【Program】

10:00-10:05 Opening remarks
       Toshiya Senda (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))

10:05-11:05 Wladek Minor (The University of Virginia)

11:05-11:50 Yusuke Yamada (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))

11:50-13:20  Lunch break

13:20-14:05 Miki Senda  (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))

14:05-14:50 Koh Takeuchi (The University of Tokyo)

15:50-15:05  Coffee break

15:05-15:50 Tadashi Satoh (AgroDesign Studios)

15:50-16:35 Raymond Burton-Smith (National Institute for Physiological Sciences (NIPS))

16:35-17:20 Keitaro Yamashita (The University of Tokyo)

17:20-17:25 Closing remarks

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※現地参加でお申し込みいただいた方には、後日受付用QRコードをメールで送付いたします。当日はそちらの画面を必ずお持ちください。


【 Contact】 

Chiho Masuda

e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp


PF-Kenkyukai (Workshop)

Cryo-EM in KEK: 5-year history and future

Japanese site

【Date】

September 28(Thursday), 2023, 1:00 p.m. to September 29(Friday), 2023, 5:30 p.m.

【Location】

KEK Kenkyu Honkan Bldg Kobayashi hall (Map M01)

【Organizer】

Institute of Materials Structure Science

Proposal Representative:Prof. Toshiya Senda KEK・IMSS・Professor / SBRC Director

Organizer:Naruhiko Adachi KEK・IMSS・Associate Prof.

:Toshio Moriya KEK・IMSS・Associate Prof.

Executive Committee:Rieko Sukegawa KEK・IMSS・Lab. Manager

: Chiho Masuda KEK・IMSS


【Program】

September 28th (Thursday) (In Japanese)

MC: Masato Kawasaki, PhD

13:00-13:10 Opening remarks, Toshiya Senda, PhD(Professor, Director of Structural Biology Research Center) 

13:10-13:30 Host remarks, Nobuhiro Koshugi, PhD (Director of Insititute of Materials Structure Science)

13:30-13:40 Remarks from guest Muramatsu (MEXT)

13:40-13:50 Remarks from guest Tatsuya Zenko, PhD  (AMED)

13:50-14:10 Coffee break

14:10-14:45 ” Cryo-EM facility of KEK” Toshiya Senda, PhD

14:50-15:00 Remarks from guest Tsuyoshi Adachi, PhD(JT, Director)

15:00–15:30 User presentation, Makiko Kosugi, PhD(National Institute for Basic Biology, project assistant professor)

15:30–16:00 User presentation, Takahiro Mori, PhD (UTokyo, Associate professor)

16:00-16:10 Closing remarks

16:15-17:30 KEK Cryo-EM facility tour

18:30-   Party at Andrew ¥5,000 @ 1person

   

9月29日(金)(In English)

10:00-10:10 Opening remark (Toshiya Senda)

10:10-11:00 Alex de Marco, PhD (NYSBC, USA)

11:00-11:50 Takayuki KATO, PhD (Osaka U, JAPAN)

11:50-13:40 Lunch Break

13:40-14:20 Eric F. Chen (Thermo Fisher Scientific)

14:20-15:10 Raymond Burton-Smith, PhD (NIPS, JAPAN)

15:10-15:40 Coffee Break 

15:40-16:30 Toshio Moriya, PhD (KEK, JAPAN)

16:30-16:35 Closing remark

  

UG meeting (In Japanese)

16:45-17:30 


【 Contact】 

Chiho Masuda

e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp


PF研究会

クライオ電顕実験棟 完成披露シンポジウム

〜KEKにおけるクライオ電子顕微鏡:これまでの5年間とこれから(Cryo-EM in KEK: 5-year history and future)〜

English site

【開催日時】

2023年9月28日(木)13:00 〜29日(金)17:30 終了予定

【会場】

KEKつくばキャンパス 研究本館 小林ホール(Map内 M01)

9月28日(木)、9月29日(金)ともオンサイトでの開催予定

旅費のサポートや9/28(木)の懇親会にご参加希望の方は、9/15(金)15:00までにお申込みをお願いいたします。またドミトリー希望の方はお早めにお申し込みください。懇親会参加の受付は終了しました。

お申込みはこちら

【開催趣旨】

クライオ電子顕微鏡単粒子解析法は、今日の構造生物学にとってなくてはならない技術になっています。特に、超分子複合体や膜タンパク質の構造解析に関しては、放射光を凌ぐ能力を示しており、非常な勢いでその技術が世界に広まりました。このため、この約10年で世界中にクライオ電子顕微鏡(クライオ電顕)の施設が作られ、世界各地の放射光施設にもクライオ電顕の施設が設置されることが標準になっています。このようなクライオ電顕の世界的な普及を受けて、2018年3月、KEKに共同利用型200kVクライオ電子顕微鏡(Talos Arctica)が導入されました。2022年12月時点のKEKクライオ電子顕微鏡の状況は、外部ユーザーに供出するマシンタイムは年間200日以上、ユーザー数は年間約50グループ(企業含む)となっており、これまでKEKのクライオ電顕施設を使った論文は20報以上が発表されています。これらの数字は、KEKのクライオ電顕施設が大学共同利用機関に設置された装置としての役割を十分に果たしていることを示しています。さらに、2022年3月には、クライオ電顕実験棟が完成し、2022年12月には300kVクライオ電子顕微鏡(Titan Krios G4)が導入されました。その結果、KEKにおいても高分解能データの取得が可能な体制となっています。また、KEKを中心にクライオ電顕を持つグループの集まりであるクライオ電顕ネットワークが設立され、KEKは国内のクライオ電顕コミュニティの中心としても活動しています。

本PF研究会では、「KEKにおけるクライオ電子顕微鏡:これまでの5年間とこれから(Cryo-EM in KEK: 5-year history and future)」と題し、KEKにおけるクライオ電子顕微鏡に関するこれまでの取り組みを紹介するとともに、放射光実験との連携などを含めて今後の展開についてユーザーの皆様と共に議論を深めたいと考えています。また、本PF研究会に合わせて、KEKのクライオ電顕ユーザーとの意見交換のために、KEKクライオ電顕ユーザーミーティングを開催したいと考えています。

協賛

BINDSプロジェクト(創薬等先端技術支援基盤プラットフォーム/AMED)

【参加費】

参加費:無料

【旅費】

旅費サポート:遠方(名古屋以西、仙台以北)の方、先着順(9/15(金)〆切)
※旅費は予算上限に達しましたので締め切りました。

お申込フォームの旅費のサポートを希望するにチェックを入れてお申し込みください。9/15(金)〆切となっておりますが、定数に達した場合はそれ以前に締め切る場合もございますので、ご了承ください。また、距離によってはお断りさせていただく場合もございます。旅費の支給が決まった方へは、順次ご連絡をさせていただきます。

【主催】

物質構造科学研究所

提案代表者:千田俊哉 KEK・物構研・教授/構造生物学研究センター・センター長

世話人:  安達成彦 KEK・物構研・特任准教授

      守屋俊夫 KEK・物構研・特任准教授

実行委員: 鮏川理恵子 KEK・物構研・ラボマネージャー

      増田千穂 KEK・物構研


*プログラムの変更があった場合は、随時更新します*

【プログラム】

9月28日(木)

司会:川﨑政人

13:00-13:10 開会の挨拶 千田俊哉(構造生物学研究センター長, 教授)

13:10-13:30 主催者挨拶 物構研所長 小杉信博所長

13:30-13:40 来賓挨拶 文部科学省素核室室長 村松哲行様

13:40-13:50 来賓挨拶 AMED 善光龍哉様(AMED創薬事業部 調査役)

13:50-14:10 休憩

14:10-14:45 施設説明「KEKのクライオ電顕について」千田俊哉

14:50-15:00 来賓挨拶(企業)安達 剛様(JT, グループリーダー(Director))

15:00–15:30 ユーザーの成果紹介 小杉真貴子(基生研・特任助教)

15:30–16:00 ユーザーの成果紹介 森 貴裕(東大・薬・准教授))

16:00-16:10 閉会の挨拶

16:15-17:30 見学会    随時解散

18:30-  懇親会(アンドリュー会費:¥5,000

   

9月29日(金)(In English)

10:00-10:10 Opening remark (Toshiya Senda)

10:10-11:00 Alex de Marco, PhD (NYSBC, USA)

11:00-11:50 Takayuki KATO, PhD (Osaka U, JAPAN)

11:50-13:40 Lunch Break

13:40-14:20 Eric F. Chen (Thermo Fisher Scientific)

14:20-15:10 Raymond Burton-Smith, PhD (NIPS, JAPAN)

15:10-15:40 Coffee Break 

15:40-16:30 Toshio Moriya, PhD (KEK, JAPAN)

16:30-16:35 Closing remark

  

KEKユーザーグループミーティング (日本語)

16:45-17:30 今後の体制等について


【 問い合わせ】 

担当:増田千穂

e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp