信頼できる実験データと構造情報を得るために
From reliable experimental data to reliable structural data
ご参加いただける方は、事前登録のうえご参加ください。
※現地参加でお申し込みいただいた方には、後日受付用QRコードをメールで送付いたします。当日はそちらの画面を必ずお持ちください。
細胞内過程のメカニズム解明には生体高分子の構造情報は必須であり、これを使うことで細胞機能を制御することが可能です。このため、構造情報はケミカルプローブの開発や創薬の基盤としても使われてきました。結晶構造解析の分野では、増え続ける構造情報に対するニーズに対応するため、回折強度測定から解析に至るまでの多くのプロセスが自動化され、誰もがそれなりの信頼性をもって解析を行うことが可能になりつつあります。しかし一方で、自動化が進むことで結晶学の基礎を学ぶ必要性が減り、信頼できる構造情報を得るための知識までもが失われていく危険性に晒されています。 さらに、様々な分野と構造生物分野の共同研究が行われることで、迅速に結果を求めらることも増え、どの様にしたら素早く信頼度の高い構造を得られるのかは、常に大きな問題です。このシンポジウムでは、どの様にして素早く高精度のデータ収集し正確な構造を得るか、この昔からあるテーマに焦点をあてて、米国バージニア大からHKL2000などのプログラム開発で高名なWladek Minor教授を迎えるとともに、５名の方に講演を依頼しました。信頼に足る構造を得ることに対する問題意識を共有する機会としたいと思います。
Structural information of biological macromolecules is essential for elucidating the mechanisms of intracellular processes and can be used to control cellular functions. Therefore, it has been used as a basis for chemical probe development and drug discovery. In the field of protein crystallography, to meet the increasing demand for structural information, many processes of structure determination have been automated, allowing anyone to perform structural analysis with a reasonable degree of reliability. This is probably true in other structural fields as well. At the same time, however, there is a danger that increased automation will reduce the need to learn the theory of crystallography, and even the knowledge to obtain reliable structural information will be lost. In addition, as structural biology research is conducted in collaboration with various fields of life sciences, rapid structure determination is required, and the method to quickly obtain reliable structures is always a major issue.
In this symposium, we would like to focus on the topic of how to obtain reliable data and structures quickly.
【Date】
March 2(Saturday), 2024, 10:00 a.m.
【Venue】
AP Nihonbashi (Tokyo) (AP日本橋・東京）
【Participation Fee】
Free
【Speakers】
Wladek Minor (The University of Virginia)
Yusuke Yamada (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))
Keitaro Yamashita (The University of Tokyo)
Miki Senda (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))
Tadashi Satoh (AgroDesign Studios)
Koh Takeuchi (The University of Tokyo)
Raymond Burton-Smith (National Institute for Physiological Sciences (NIPS))
【Organizers】
Toshiya Senda (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))
Leonard Chavas (Nagoya University)
【Program】
10:00-10:05 Opening remarks
Toshiya Senda (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))
10:05-11:05 Wladek Minor (The University of Virginia)
11:05-11:50 Yusuke Yamada (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))
11:50-13:20 Lunch break
13:20-14:05 Miki Senda (High Energy Accelerator Research Organization (KEK))
14:05-14:50 Koh Takeuchi (The University of Tokyo)
15:50-15:05 Coffee break
15:05-15:50 Tadashi Satoh (AgroDesign Studios)
15:50-16:35 Raymond Burton-Smith (National Institute for Physiological Sciences (NIPS))
16:35-17:20 Keitaro Yamashita (The University of Tokyo)
17:20-17:25 Closing remarks
ご参加いただける方は、事前登録のうえご参加ください。
※現地参加でお申し込みいただいた方には、後日受付用QRコードをメールで送付いたします。当日はそちらの画面を必ずお持ちください。
【 Contact】
Chiho Masuda
e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp
第8回 クライオ電顕解析初心者講習会〜データ処理〜
クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION (Sjors Scheres, MRC-LMB)の現行バージョン(Relion4.0.1) を中心としたデータ解析講習会を開催いたします。（都合により使用するバージョンは変更する場合がございます。）
RELIONのチュートリアルに沿って解説および座学を実施する予定です。参加者の方には実際に手を動かして解析を行っていただきます。（プログラムの詳細は後日更新いたします。）
【開催日時】
1日目：2024年02月29日（木）10:00 〜 17:45 終了予定
2日目：2024年03月01日（金）10:00 〜 17:45 終了予定
【会場】
オンライン開催（Zoom）
Zoomでの講習会にアクセスするためのリンク先アドレスは、参加登録時にお申込みいただきましたメールアドレスに、開催日が近づきましたら改めて個別にご案内をさせていただきます。
【応募〆切 2024年2月9日（金）15:00】
【言語】日本語
お申込みはこちら
定員に達したため締め切りました
聴講をご希望の方は、下記事務局（cmasuda[at]post.kek.jp）までご連絡ください。
【募集対象と人数】
本講習会は、クライオ電子顕微鏡解析のご経験がないか、ほとんど無い方を対象としています。なお、学生の方は指導教員に了解を得ていただきますようお願いします。
定員：20名 （解析計算実行環境のリソースに限りがあるため、人数の制限をさせていただいています。予め、 ご了承ください。）
【参加条件】
今回の講習会は、クラウドコンピューター(AWS)上にRelionによる解析環境を開催者側で用意し、そこに参加者の皆様のパソコンからインターネットを通じてアクセスし、解析していただくことになります。従いまして、高性能のCPUやGPUを掲載したノートパソコンをご使用になる必要はございません。通常、ラボでデータ取りまとめ用などで使われているものでも、十分お使いいただけるものと考えています。Windows、Mac、どちらでも構いません。
民間企業の方のご出席につきましては、KEKのCryoEMコンソーシアム参加企業の方に限定させて頂いております。コンソーシアムへの入会は随時受付けておりますので、ご入会方法の詳細などについては下記の事務局連絡先までお気軽にお問い合わせください。
【参加費】
参加費：無料、その他の補助はありません。
【講師一覧】
重松秀樹：JASRI/SPring-8
ゴパラシンガム・チャイ：理化学研究所/SPring-8
安達成彦：筑波大学・生存ダイナミクス研究センター
杉山 葵：山口東京理科大学
荒牧慎二：Tietz Video & Image Processing Systems GmbH
川崎政人：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
守屋俊夫：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
山田悠介：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
山本美里：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
池田聡人：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
倉内郁哉：大阪公立大学
中山 友希子：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
【関連事業】
創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム（BINDS）
【主催】
KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
クライオ電顕ネットワーク
＊プログラムの変更があった場合は、随時更新します＊
【プログラム】
2月29日（木）
10:00-10:10 はじめに 千田俊哉（KEK）
10:10-10:40 座学：Relion4-betaデータ解析〜２次元電顕像から初期３次元構造再構築まで〜
守屋俊夫（KEK）
10:40-11:00 講演：AWSデータ解析環境の概要紹介と使い方 山本美里（KEK）
11:00-11:20 実習：システムへのログイン、RELION起動、ジョブ実行
11:20-11:40 実習：プロジェクト作成、ドリフト補正処理開始
11:40-12:00 実習：ドリフト補正結果検証、CTF推定処理開始・結果検証
12:00-13:00 昼食
13:00–13:30 実習：手動粒子ピッキング
13:30–14:10 実習：自動粒子ピッカー訓練処理開始
14:10-14:30 座学：二次元クラス平均化までの基礎理論
14:30-14:45 実習：自動粒子ピッキング処理継続・結果検証
14:45-15:00 実習：二次元クラス平均化処理開始
15:00-15:30 休憩
15:30–16:00 講演：KEKクライオ電顕施設の紹介と利用方法 池田聡人（KEK）
16:00-16:30 実習：二次元クラス平均化処理結果検証、クラス選別、粒子抽出
16:30–16:45 実習：初期三次元構造再構築処理開始
16:45-17:30 招待講演：重松秀樹（JASRI/SPring-8）
17:30-17:45 実習：初期三次元構造再構築結果検証
18:00-19:00 懇親会（オンライン）
3月1日（金）
10:00-10:10 座学：Relion4-betaデータ解析(概要)〜電顕鏡画像の問題点とそれを解消する３次元分類と精密化〜
10:10-10:30 実習：三次元クラス分類処理開始
10:30-11:00 座学：三次元処理の基礎理論
11:00-11:40 実習：三次元クラス分類処理結果検証、クラス選別、粒子抽出
11:40-12:00 実習：三次元精密化処理開始
12:00-13:00 昼食
13:00-13:30 実習：三次元精密化結果検証
13:30-14:00 実習：マスク作成と後処理開始・結果検証
14:00-14:30 実習：CTF精密化処理開始・結果検証、三次元精密化処理開始
14:30-15:00 休憩・写真撮影
15:00-15:20 三次元精密化処理結果検証、ベイズポリッシュ処理開始・結果検証、三次元精密化処理開始
15:20-15:50 講演：Beyond Relion4 Tutorial
15:50-16:00 実習：三次元精密化処理結果検証
16:00-16:30 実習：局所分解能推定処理開始・結果検証
16:30-16:45 実習：掌性（handedness）検証
16:45-17:05 実習：crYOLO処理開始・結果検証
17:05-17:20 実習：RELION5-beta で実装された新機能に関して
17:20-17:30 終わりに 守屋俊夫（KEK）
17:30-17:45 質疑応答（オンライン）
前回のプログラムはこちら
【 問い合わせ】
オーガナイザー
KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
池田聡人
e-mail: akihito.ikeda[at]kek.jp
事務局
増田千穂
電話：029-879-6176
e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp
SBRC International Cryo-EM Seminar No.18
2024年1月12日(金)15:00 – 16:30
会場: ハイブリッド (CryoEM-Lab KEK and Zoom)
言語：日本語
セミナータイトル：
ミュオン顕微鏡
高エネルギー加速器研究機構 物質構造科学研究所
特別准教授
永谷 幸則先生
素粒子の一種ミュオンを用いるこれまでにない顕微鏡であるミュオン顕微鏡の概念、目的とその開発に関して解説する。ミュオン顕微鏡は電子顕微鏡の電子に代えてミュオンを用いるものであり、透過型電子顕微鏡 TEM のアナログとして透過型ミュオン顕微鏡 TμM が、走査型電子顕微鏡 SEM のアナログとして走査型正ミュオン顕微鏡 Sμ+M と走査型負ミュオン顕微鏡 Sμ-Mの開発が進められている。加速ミュオンは特異な物質透過能力を備えており、その応用として TμM は生物学系では神経細胞や神経組織、工学系ではパワー素子など、厚い試料の内部の電磁場分布の観察を目的としている。Sμ+M は試料の磁気的な性質の分布を可視化し、Sμ-M は水素以外の全ての元素と同位体や化学的性質の分布の可視化を目的としている。
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こちらのセミナーについてのお問い合わせは、増田( cmasuda@post.kek.jp )までお願い致します。
高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター 参加登録担当：増田
SBRC International Cryo-EM Seminar No.17
“Structure determination of RNA-dependent RNA Polymerase 2 (RDR2) by cryo-EM and its implications for double-stranded RNA synthesis in gene silencing”
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Date:
4:00 PM – 5:30 PM Tuesday, December 19th, 2023 (JST),
Location: Hybrid (CryoEM-Lab KEK and Zoom)
Speaker
Yuichiro H. Takagi, Ph.D.
Associate Professor
Scientific advisor for cryo-EM
Department of Biochemistry and Molecular Biology
Indiana University School of Medicine
Abstract
RNA-dependent RNA polymerases (RdRP) play critical roles in RNA-mediated gene silencing. In Arabidopsis thaliana, RNA-Dependent RNA Polymerase 2 (RDR2) generates double-stranded RNAs (dsRNAs) from a single stranded RNA template generated by DNA-dependent nuclear RNA Polymerase IV (Pol IV). Resulting dsRNAs are then processed into short-interfering RNAs that guide RNA-directed DNA methylation and transcriptional gene silencing. We determined the structure of RDR2 at 3.1 Å resolution by single-particle cryo-electron microscopy. The structure suggests its implications for double-stranded RNA synthesis in gene silencing. The seminar will also touch on several structure examples determined by Takagi lab using cryo-EM including Mediator CDK8 module from the yeast Saccharomyces cerevisiae, human asparagine synthetase, and multicopper oxidase from Marinithermus hydrothermalis.
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Registration for international seminar
PFタンパク質結晶構造解析ビームライン企業説明会
今年度の企業説明会でございますが、下記の日時にて開催予定とさせていただきました。
【開催日時】
2023年12月15日（金）13:00〜15:00 終了予定
【会場】
構造生物実験準備棟・会議室
【お申し込み〆切 2023年11月30日（木）】
＊プログラムの変更があった場合は、随時更新いたします＊
【プログラム】
12月15日（金）
13:00- 13:15 構造生物学研究センターの活動について
＋CryoEMコンソーシアムのご案内：千田俊哉
13:15- 13:25 小角散乱ビームラインについて：清水
13:25-13:55 クライオ電子顕微鏡について＋AWSの活用：川崎、守屋
13:55-14:10 タンパク質結晶解析ビームラインについて：松垣
14:10-14:50 タンパク質結晶化スクリーニングシステムとビームラインの連携
（in situデータ測定と迅速構造解析）：加藤、山田
14:50-15:00 自由討論
15:15- つくば共同体総会
15:15-15:25 つくば共同体利用状況について：引田
15:25-15:40 PSDI報告：田辺
15:40- 協議・報告・質問
【 問い合わせ】
KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター
上席リサーチアドミニストレーター
窪田道夫
e-mail: michio.kubota[at]kek.jp
Webページ問い合わせ先：増田千穂
e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp
お申込み
SBRC International Cryo-EM Seminar No.16
“Focused Ion Beam Scanning Electron Microscopes for Volume-EM and Cryo-Microscopy”
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Date:
3:30 PM – 5:00 PM Tuesday, September 19th, 2023 (JST),
Location: Hybrid (CryoEM-Lab KEK and Zoom)
Speaker
Dr. Alexander Rigort
Thermo Fisher Scientific, Munich, Germany
Abstract
FIB/SEM microscopes have proven to be indispensable tools for cryo-electron microscopy and volumetric imaging of biological specimens. These devices can be used to analyze samples at room temperature and under cryo-conditions. Equipped with automation software for both data acquisition and electron transparent lamella fabrication, FIB/SEM microscopes offer a wide range of applications and multiple workflows for obtaining volumetric information. The imaging capabilities include high-resolution serial imaging with FIB/SEM tomography (slice & view), millimeter-scale analysis with the spin mill method, array tomography and correlative microscopy with the iFLM system. Additionally, Plasma-FIB systems allow the use of up to four different ion species, which can be used to optimize milling and imaging for both cryogenic and resin-embedded samples. In this lecture, I will provide an overview of the current state of developments, applications, and the related FIB/SEM product range.
Profile:
Dr. Alex Rigort works in product marketing and development for Thermo Fisher Scientific and holds a guest researcher position at the Max Planck Institute of Biochemistry in Martinsried. He has pioneered the use of cryo-focused ion beam instruments for cryo-tomography at the Max Planck Institute of Biochemistry and has long-standing experience in cryo-electron microscopy.
Link to Publications: Dr. Alexander Rigort (Google Scholar)
More about the author: https://analyticalscience.wiley.com/do/10.1002/was.0002057028/
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PF-Kenkyukai (Workshop)
Cryo-EM in KEK: 5-year history and future
【Date】
September 28(Thursday), 2023, 1:00 p.m. to September 29(Friday), 2023, 5:30 p.m.
【Location】
KEK Kenkyu Honkan Bldg Kobayashi hall (Map M01)
【Organizer】
Institute of Materials Structure Science
Proposal Representative：Prof. Toshiya Senda KEK・IMSS・Professor / SBRC Director
Organizer：Naruhiko Adachi KEK・IMSS・Associate Prof.
：Toshio Moriya KEK・IMSS・Associate Prof.
Executive Committee：Rieko Sukegawa KEK・IMSS・Lab. Manager
： Chiho Masuda KEK・IMSS
【Program】
September 28th (Thursday) (In Japanese)
MC: Masato Kawasaki, PhD
13:00-13:10 Opening remarks, Toshiya Senda, PhD（Professor, Director of Structural Biology Research Center）
13:10-13:30 Host remarks, Nobuhiro Koshugi, PhD (Director of Insititute of Materials Structure Science)
13:30-13:40 Remarks from guest Muramatsu (MEXT)
13:40-13:50 Remarks from guest Tatsuya Zenko, PhD (AMED)
13:50-14:10 Coffee break
14:10-14:45 ” Cryo-EM facility of KEK” Toshiya Senda, PhD
14:50-15:00 Remarks from guest Tsuyoshi Adachi, PhD（JT, Director）
15:00–15:30 User presentation, Makiko Kosugi, PhD（National Institute for Basic Biology, project assistant professor)
15:30–16:00 User presentation, Takahiro Mori, PhD (UTokyo, Associate professor)
16:00-16:10 Closing remarks
16:15-17:30 KEK Cryo-EM facility tour
18:30- Party at Andrew ¥5,000 @ 1person
9月29日（金）(In English)
10:00-10:10 Opening remark (Toshiya Senda)
10:10-11:00 Alex de Marco, PhD (NYSBC, USA)
11:00-11:50 Takayuki KATO, PhD (Osaka U, JAPAN)
11:50-13:40 Lunch Break
13:40-14:20 Eric F. Chen (Thermo Fisher Scientific)
14:20-15:10 Raymond Burton-Smith, PhD (NIPS, JAPAN)
15:10-15:40 Coffee Break
15:40-16:30 Toshio Moriya, PhD (KEK, JAPAN)
16:30-16:35 Closing remark
UG meeting (In Japanese)
16:45-17:30
【 Contact】
Chiho Masuda
e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp