SBRC Seminar

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日時:2024年07月16日(火)午後1:30 〜午後3:00

会場ハイブリッド(構造生物実験準備棟会議室、Zoom接続)

オンライン接続情報:登録後に連絡

   

Speaker
May Sharpe,
Dennis Stegmann

Paul Scherrer Institute, Macromolecular Crystallography

“Fragment Screening at the SLS: setup, recent developments, outlook”

Abstract
Crystal based fragment screening facilitates the assessment of not only
ligand binding but also yields information about binding poise and
interactions, allowing for rapid advancement of the resulting hits. For
this, we at SLS have established a dedicated fast throughput screening
setup. We are currently investigating potential benefits of alternative
experimental procedures to standard single crystal, single
rotation-axis, synchrotron, cryo-temperature experiments. Amongst
others, we want to add standardized protocols for ambient temperature
data collection to our portfolio, which could potentially result in more
viable hits by taking the entropic contributions of ligand binding into
account.

    

Speaker
Yusuke Yamada

International Center for Synchrotron Radiation Innovation Smart, Tohoku
University

“New macromolecular crystallography endstation at NanoTerasu”

Abstract
NanoTerasu is a new 3GeV high-brilliance synchrotron radiation facility,
and is located at the Tohoku University Aobayama New Campus in Sendai.
The user operation of NanoTerasu was started in April 2024. A new
macromolecular crystallography endstation is being constructed at BL09U,
one of the coalition beamlines. The hutch construction will be completed
in March 2025, and after the installation and commissioning of optics
and experimental apparatus, general user operation is planned to be
started at the end of FY2025.


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SBRC International Cryo-EM Seminar No.18

2024年1月12日(金)15:00 – 16:30

会場: ハイブリッド (CryoEM-Lab KEK and Zoom)

言語:日本語

   

セミナータイトル:

ミュオン顕微鏡

高エネルギー加速器研究機構 物質構造科学研究所 

特別准教授

永谷 幸則先生  

素粒子の一種ミュオンを用いるこれまでにない顕微鏡であるミュオン顕微鏡の概念、目的とその開発に関して解説する。ミュオン顕微鏡は電子顕微鏡の電子に代えてミュオンを用いるものであり、透過型電子顕微鏡 TEM のアナログとして透過型ミュオン顕微鏡 TμM が、走査型電子顕微鏡 SEM のアナログとして走査型正ミュオン顕微鏡 Sμ+M と走査型負ミュオン顕微鏡 Sμ-Mの開発が進められている。加速ミュオンは特異な物質透過能力を備えており、その応用として TμM は生物学系では神経細胞や神経組織、工学系ではパワー素子など、厚い試料の内部の電磁場分布の観察を目的としている。Sμ+M は試料の磁気的な性質の分布を可視化し、Sμ-M は水素以外の全ての元素と同位体や化学的性質の分布の可視化を目的としている。

 

申込サイト

SBRC International Cryo-EM Seminar No.18

言語:日本語

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【Affiliation/Company】 *

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Depending on the availability of the venue, we may ask you to participate online.

【Message】 

 

After registering, please confirm your registration details in the acceptance e-mail.
If you do not receive an email, your registration may not have been accepted.
Please contact us.

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こちらのセミナーについてのお問い合わせは、増田( cmasuda@post.kek.jp )までお願い致します。
高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター 参加登録担当:増田

PFタンパク質結晶構造解析ビームライン企業説明会

今年度の企業説明会でございますが、下記の日時にて開催予定とさせていただきました。

【開催日時】

2023年12月15日(金)13:00〜15:00 終了予定

【会場】

構造生物実験準備棟・会議室

【お申し込み〆切 2023年11月30日(木)】

お申込みはこちら


*プログラムの変更があった場合は、随時更新いたします*

【プログラム】

12月15日(金)

13:00- 13:15 構造生物学研究センターの活動について
       +CryoEMコンソーシアムのご案内:千田俊哉


13:15- 13:25 小角散乱ビームラインについて:清水


13:25-13:55 クライオ電子顕微鏡について+AWSの活用:川崎、守屋


13:55-14:10 タンパク質結晶解析ビームラインについて:松垣


14:10-14:50 タンパク質結晶化スクリーニングシステムとビームラインの連携
      (in situデータ測定と迅速構造解析):加藤、山田


14:50-15:00 自由討論

15:15-    つくば共同体総会

15:15-15:25  つくば共同体利用状況について:引田

15:25-15:40 PSDI報告:田辺

15:40-    協議・報告・質問


【 問い合わせ】 

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

上席リサーチアドミニストレーター

窪田道夫

e-mail: michio.kubota[at]kek.jp

  

Webページ問い合わせ先:増田千穂 

e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp

お申込み

【KEK-IMSS-SBRC】「企業説明会」

【氏名】必須

【氏名ふりがな】必須

【企業名(機関名)】   必須

【所属部署】 必須

【メールアドレス】 必須

【電話番号】 必須
- -

【質問・連絡事項】 

 

GTP Seminar

2023年4月24日(月)21:00〜
オンライン開催 (Zoom)

   

セミナータイトル:

リピッドコード脂質多様性と病態シグナチュア
〜疾患・臓器を超えたアンチセントラルドグマ的脂質研究〜

筑波大学 内分泌代謝・糖尿病内科 

島野 仁先生  

島野先生は、脂質合成転写因子であるSterol regulatory-element binding proteinsSREBPs)の研究を続けてこられていますが(Shimano H. Nat Rev Endocrinol, 2017)その新規標的遺伝子の探索過程において、炭素数12-16 の飽和・一価不飽和脂肪酸を基質とする脂肪酸伸長酵素Elovl6 のクローニングに成功されています(Matsuzaka T et al. J Lipid Res, 2002)。この欠損マウスでは肝臓の脂肪酸組成が変化しますが 食餌性および遺伝性肥満によるインスリン抵抗性が、肥満が持続した状態でも改善することが明らかになりました(Matsuzaka T et al. Nat Med, 2007)。これをきっかけに、臓器脂肪酸の鎖長が、種々の臓器における様々な疾患に与える影響から新しい疾患治療理念を展開されています。

 

主催:千田俊哉         

●GTP セミナー参加申込フォーム●

 

【氏名】必須

【氏名ふりがな】必須

【所属名】 必須

【メールアドレス】 必須

 

 

 

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高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター 参加登録担当:増田

【オンライン開催】第1回SBRC技術交流セミナー

主催:高エネルギー加速器研究機構 千田俊哉・田辺幹雄

第1回目となる今回のセミナーでは、先日つくばで開催された第22回タンパク質科学会の展示ブースでも、 大変な注目を浴びていたRefeyn JapanのMass photometry法についてご講演いただきます 

 

開催日:2022年7月26日(火)13:00〜 14:30(Zoom)

スピーカー:

志波 公平 (レフェイン・ジャパン株式会社)

タイトル:

蛋白質のMass photometry-超微量試料による分子量分布測定とそのアプリケーション

 

<要旨>

Mass photometry法(MP法)はiSCAT法による1分子観察によって獲得される画像コントラストから、分子量分布を算出する方法です。

本手法の特徴として、 ①サンプルがごくわずかで計測できる ②固定化、ラベル化が不要③特に複合体解析に適している、といった特徴を有しています。

今回、本手法を搭載しましたRefeynシリーズのご紹介とともに、MP法を用いたアプリケーションを紹介いたします。 アプリケーションはいくつかの内容に分けて、実際に論文に掲載された内容と社内でのアプリケーションを交えて議論できればと考えています。

お申込

※当日のセミナー参加URLは、参加登録していただいたメールアドレスに改めてご案内いたします。

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本セミナーに関するお問い合わせは、増田( cmasuda@post.kek.jp )までお願い致します。
高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター参加登録担当:増田

【オンライン開催】Corona CREST (Senda Team) 3rd meeting

主催:Corona CREST 千田チーム

G5C          

Corona CREST (Senda Team) 3rd meetingは、オンライン(Zoom)にて、東海大学 中川草先生、呉佳齊先生より、これまで取り組んできたコロナウイルスの比較ゲノム解析から得られた知見、そして自動で解析するbioinformatics pipelineの共有、その他、関連する研究についてお話をいただきます。

【〆切:9月14日(火)15:00】※定員(90名)になり次第締め切りとさせていただきます。

オンライン開催 (Zoom)
JST: Wed. Sep. 15th, 09:00-10:30
EST: Tue. Sep. 14th, 19:00-20:30

演題:新型コロナウイルスのゲノム進化のこれまでとこれから

東海大学 

中川草先生、呉佳齊先生  

<Abstract>
2019年末に中国で発生した新型コロナウイルス感染症はまたたく間に世界中に広がり、2021年9月現在も収束する見込みは立っていない。現在までに世界中の研究機関が新型コロナウイルスのゲノムをシークエンスし、330万ものゲノム配列がGISAIDデータベースで共有されている。その一方で新型コロナウイルスの起源については現在も調査が進んでおり、直接の起源となったコロナウイルスについてはまだ明らかになっていない。現在まで私達の研究グループではGISAIDデータベースに登録されている全ての新型コロナウイルスのゲノム変異を同定した。現在では週に数万件の新規登録が続いているが、それに常に対応して変異解析を続けている。これまでの解析結果ではメインプロテアーゼであるnsp5(3CLpro)や、proof-reading機能やcap付加に関係するnsp14については、特定のアミノ酸変異が固定した傾向はなく、これらに進化的な選択がかかっていないことが示唆された。ただ、今後それらの遺伝子をターゲットとした薬剤が導入されれば、それから逃れるような変異が生じる可能性については否定できない。加えて、新型コロナウイルスに系統的に近縁なコロナウイルスの発見が相次いで報告されている。それらのベータコロナウイルスの172ゲノム配列から各遺伝子配列を比較し、どのように新型コロナウイルスが進化しているのかを解析している。nsp5、nsp14、そして各構造タンパク質について塩基・アミノ酸配列を現在比較解析している。今回のセミナーでは上記のように、これまで取り組んできたコロナウイルスの比較ゲノム解析から得られた知見、そして自動で解析するbioinformatics pipelineの共有、その他関連する研究も併せて報告したい。

●参加申込フォーム●【〆切:9月14日(火)15:00】

【氏名】必須

【氏名ふりがな】必須

【所属名】 必須

【メールアドレス】 必須

 

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Corona CREST (Senda Team) 3rd meetingについてのお問い合わせは、増田( cmasuda@post.kek.jp )までお願い致します。
高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

参加登録担当:増田