Author: masuda

PFタンパク質結晶構造解析ビームライン企業説明会-2022

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今年度の企業説明会でございますが、下記の日時にて開催予定とさせていただきました。

本年は、オンサイトで開催し、クライオ電子顕微鏡の見学も予定しております。

【開催日時】

2022年12月16日（金）13:00〜15:00 終了予定

【会場】

オンサイト開催予定（状況によって変更可能性あり）

【お申し込み〆切 2022年11月28日（月）】

お申込みはこちら
申し込み受付は終了しました。

＊プログラムの変更があった場合は、随時更新いたします＊

【プログラム】

12月16日（金）

13:00 – 13:25　構造生物学研究センターの活動について＋TCEFの紹介　千田俊哉

13:25 – 13:35　小角散乱ビームラインについて　清水伸隆

13:35 – 13:50　全自動結晶化システムについて　加藤龍一

13:50-14:00　休憩

14:00–14:15　タンパク質結晶解析ビームラインについて　松垣直宏

14:15–14:30　クライオ電子顕微鏡について　安達成彦

→発表後、建屋内を移動してクライオ電子顕微鏡見学

14:30-14:45　クライオ電顕実験棟・300kVクライオ電顕の見学

（Titan Krios G4をインストール中）　安達成彦、川崎 政人

14:45–15:00　自由討論

【 問い合わせ】　

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

上席リサーチアドミニストレーター

窪田道夫

e-mail: michio.kubota[at]kek.jp

　　

Webページ問い合わせ先：増田千穂 

e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp

SBRC International Cryo-EM Seminar No.13

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MicroED: conception, practice and future opportunities

Date:

9:00 AM – 11:00AM Monday, November 7th, 2022 (JST),

Location: Online Zoom Meeting

　　　　

Speaker

Prof. Tamir Gonen, PhD,

Biological Chemistry and Physiology,

David Geffen School of Medicine,

University of California, Los Angeles.

Investigator of Howard Hughes Medical Institute 

 

Abstract

Dr Gonen is an expert in electron crystallography and cryo-EM. In 2011, he began developing a new method for structural biology, currently widely known as MicroED (Microcrystal Electron Diffraction). With this method, he has pushed the boundaries of cryo-EM and determined several previously-unknown-structures at resolutions close to 1Å. In 2013, the method of MicroED began to gain momentum with the demonstration that protein structures could be determined from 3D crystals using electron diffraction. Over the past decade several technological milestones were developed, optimized, and described. Currently, several laboratories and facilities regularly collect MicroED data and solve important structures from materials, small molecules, natural products to peptides, soluble proteins and importantly membrane proteins. In this seminar, Dr. Gonen will present the history of MicroED from its beginning, focusing on its practice, and discuss where the method is going in the coming years and where we could see its biggest impact in the coming years.

Profile:

2002 – 2005           Postdoctoral fellow, Harvard Medical School.

2005 – 2010           Assistant Professor, University of Washington School of Medicine.

2009 – 2011           Early Career Scientist, Howard Hughes Medical Institute.

2010 – 2011            Associate Professor with Tenure, University of Washington School of Medicine.

2011 – 2017            Group Leader, Janelia Research Campus, Howard Hughes Medical Institute.

2017 – Current        Professor, Biological Chemistry and Physiology, David Geffen School of Medicine,

University of California, Los Angeles.

2017 – 　　　　　　Current Investigator, Howard Hughes Medical Institute.

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第7回 クライオ電顕解析初心者講習会〜データ処理〜

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クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION (Sjors Scheres, MRC-LMB)の最新バージョン(Relion4-beta)を中心としたデータ解析講習会を開催いたします。

【開催日時】

2022年10月27日（木）10:00 〜28日（金）17:45 終了予定

【会場】

オンライン開催（Zoom）

Zoomでの講習会にアクセスするためのリンク先アドレスは、参加登録時にお申込みいただきましたメールアドレスに、開催日が近づきましたら改めて個別にご案内をさせていただきます。

【応募〆切 2022年10月19日（水）15:00】

お申込みはこちら
申込は締め切りました

【募集対象と人数】

本講習会は、クライオ電子顕微鏡解析のご経験がないか、ほとんど無い方を対象としています。なお、学生の方は指導教員に了解を得ていただきますようお願いします。

定員：20名 （解析計算実行環境のリソースに限りがあるため、人数の制限をさせていただいています。予め、 ご了承ください。）

【参加条件】

今回の講習会は、クラウドコンピューター(AWS)上にRelionによる解析環境を開催者側で用意し、そこに参加者の皆様のパソコンからインターネットを通じてアクセスし、解析していただくことになります。従いまして、高性能のCPUやGPUを掲載したノートパソコンをご使用になる必要はございません。通常、ラボでデータ取りまとめ用などで使われているものでも、十分お使いいただけるものと考えています。Windows、Mac、どちらでも構いません。

民間企業の方のご出席につきましては、KEKのCryoEMコンソーシアム参加企業の方に限定させて頂いております。コンソーシアムへの入会は随時受付けておりますので、ご入会方法の詳細などについては下記の事務局連絡先までお気軽にお問い合わせください。

【参加費】

参加費：無料、その他の補助はありません。

【講師一覧】

重松秀樹：理化学研究所/SPring-8

加藤公児：理化学研究所/SPring-8

原田彩佳：筑波大学・ 生存ダイナミクス研究センター(10/27のみ）

荒牧慎二：Tietz Video & Image Processing Systems GmbH

川崎政人：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

守屋俊夫：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

山田悠介：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

山本美里：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

池田聡人：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

中山 友希子：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

【関連事業】

創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム（BINDS）

【主催】

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

クライオ電顕ネットワーク

＊プログラムの変更があった場合は、随時更新します＊

【プログラム】

10月27日（木）

10:00-10:10　はじめに　千田俊哉（KEK）

10:10-10:40　座学：Relion4-betaデータ解析〜２次元電顕像から初期３次元構造再構築まで〜

10:40-11:00　講演：AWSデータ解析環境の概要紹介と使い方　山田悠介（KEK）

11:00-11:20　実習：システムへのログイン、RELION起動、ジョブ実行

11:20-11:40　実習：プロジェクト作成、ドリフト補正処理開始

11:40-12:00　実習：ドリフト補正結果検証、CTF推定処理開始・結果検証

12:00-13:00　昼食

13:00–13:30　実習：手動粒子ピッキング

13:30–14:30　実習：自動粒子ピッキング処理開始・結果検証

14:30-14:45　実習：二次元クラス平均化処理開始

14:45-15:00　座学：二次元クラス平均化の基礎理論

15:00-15:30　休憩

15:30–16:00　筑波大(TARA)クライオ電顕の施設紹介　原田彩佳（筑波大）

15:30–16:00　講演：KEKクライオ電顕施設の紹介と利用方法　池田聡人（KEK）

16:00-16:30　実習：二次元クラス平均化処理結果検証、クラス選別、粒子抽出

16:30–16:45　実習：初期三次元構造再構築処理開始

16:45-17:30　招待講演：重松秀樹（理化学研究所）

17:30-17:45　実習：初期三次元構造再構築結果検証

18:00-19:00　懇親会（オンライン）

10月28日（金）

10:00-10:30　座学：Relion4-betaデータ解析(概要)〜電顕鏡画像の問題点とそれを解消する３次元分類と精密化〜

10:30-11:15　実習：三次元クラス分類処理開始

11:15-11:45　実習：三次元クラス分類処理結果検証、クラス選別、粒子抽出

11:45-12:00　実習：三次元精密化処理開始

12:00-13:00　昼食

13:00-13:30　実習：三次元精密化結果検証

13:30-14:00　実習：マスク作成と後処理開始・結果検証

14:00-14:30　実習：CTF精密化処理開始・結果検証、三次元精密化処理開始・結果検証

14:30-15:00　講演：KEKクライオ電顕施設の紹介と利用方法　池田聡人（KEK）

15:00-15:30　休憩・写真撮影

15:30-16:00　実習：ベイズポリッシュ処理開始・結果検証、三次元精密化処理開始・結果検証

16:00-16:15　実習：掌性（handedness）検証

16:15-16:35　実習：crYOLO処理開始・結果検証

16:35-17:05　講演：Beyond Relion4 Tutorial　守屋俊夫（KEK）

17:05-17:35　実習：局所分解能推定処理開始・結果検証

17:35-17:45　終わりに　守屋俊夫（KEK）

【 問い合わせ】　

オーガナイザー

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

池田聡人

e-mail: akihito.ikeda[at]kek.jp

事務局

増田千穂 

電話：029-879-6176

e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp

【オンライン開催】第1回SBRC技術交流セミナー

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主催：高エネルギー加速器研究機構　千田俊哉・田辺幹雄

第1回目となる今回のセミナーでは、先日つくばで開催された第22回タンパク質科学会の展示ブースでも、 大変な注目を浴びていたRefeyn JapanのMass photometry法についてご講演いただきます。　

　

開催日：2022年7月26日(火)13:00〜 14:30(Zoom）

REFEYN_SBRC_KEK
　　　

スピーカー：

志波 公平 （レフェイン・ジャパン株式会社）

タイトル：

蛋白質のMass photometry-超微量試料による分子量分布測定とそのアプリケーション

 

<要旨>

Mass photometry法（MP法）はiSCAT法による1分子観察によって獲得される画像コントラストから、分子量分布を算出する方法です。

本手法の特徴として、 ①サンプルがごくわずかで計測できる ②固定化、ラベル化が不要③特に複合体解析に適している、といった特徴を有しています。

今回、本手法を搭載しましたRefeynシリーズのご紹介とともに、MP法を用いたアプリケーションを紹介いたします。 アプリケーションはいくつかの内容に分けて、実際に論文に掲載された内容と社内でのアプリケーションを交えて議論できればと考えています。

お申込

※当日のセミナー参加URLは、参加登録していただいたメールアドレスに改めてご案内いたします。

ーーーーーーーーーー

本セミナーに関するお問い合わせは、増田( cmasuda@post.kek.jp )までお願い致します。
高エネルギー加速器研究機構・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター参加登録担当：増田

SBRC International Cryo-EM Seminar 12

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SBRC International Cryo-EM Seminar No.12

Date:

1:00 PM – 2:30PM Friday, July 1st, 2022 (JST),

CryoEM-Lab KEK and Zoom

　　　　

Speaker

Dr. Daisuke Kihara,

Purdue University, USA

https://kiharalab.org

Title:

Protein structure modeling and model quality assessment for cryo-EM density maps using deep learning

Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become one of the main experimental methods for determining protein structures. In cryo-EM, protein structure modeling is in general more difficult than X-ray crystallography as the resolution of maps is often not high enough to specify atom positions. We have been developing computational methods for modeling protein structures from cryo-EM maps determined at a medium resolution. For maps at medium resolution, it turned out that deep learning can provide useful structure information for modeling. In this seminar, we present deep learning application in protein structure modeling and protein model quality assessment for cryo-EM. All the tools we developed are available at https://kiharalab.org/emsuites/.

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第6回 クライオ電顕解析初心者講習会〜データ処理〜

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クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION (Sjors Scheres, MRC-LMB)の最新バージョン(Relion4-beta)を中心としたデータ解析講習会を開催いたします。

【開催日時】

2022年6月2日（木）10:00～3日（金）17:45 終了予定

【会場】

オンライン開催（Zoom）

Zoomでの講習会にアクセスするためのリンク先アドレスは、参加登録時にお申込みいただきましたメールアドレスに、開催日が近づきましたら改めて個別にご案内をさせていただきます。

【応募〆切 2022年5月26日（木）15:00】

お申込みはこちら
申し込みは締め切りました。

【募集対象と人数】

本講習会は、クライオ電子顕微鏡解析のご経験がないか、ほとんど無い方を対象としています。なお、学生の方は指導教員に了解を得ていただきますようお願いします。

定員：20名 （解析計算実行環境のリソースに限りがあるため、人数の制限をさせていただいています。若干増える可能性はあります。予め、ご了承ください。）

【参加条件】

今回の講習会は、クラウドコンピューター(AWS)上にRelionによる解析環境を開催者側で用意し、そこに参加者の皆様のパソコンからインターネットを通じてアクセスし、解析していただくことになります。従いまして、高性能のCPUやGPUを掲載したノートパソコンをご使用になる必要はございません。通常、ラボでデータ取りまとめ用などで使われているものでも、十分お使いいただけるものと考えています。Windows、Mac、どちらでも構いません。

民間企業の方のご出席につきましては、KEKのCryoEMコンソーシアム参加企業の方に限定させて頂いております。コンソーシアムへの入会は随時受付けておりますので、ご入会方法の詳細などについては下記の事務局連絡先までお気軽にお問い合わせください。

【参加費】

参加費：無料、その他の補助はありません。

【実習講師／インストラクター】

重松秀樹：理化学研究所/SPring-8

川崎政人：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

池田聡人：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

山田悠介：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

荒牧慎二：Tietz Video & Image Processing Systems GmbH

守屋俊夫：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

【関連事業】

創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム（BINDS）

【主催】

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

クライオ電顕ネットワーク

＊プログラムの変更があった場合は、随時更新します＊

【プログラム】

6月2日（木）

10:00-10:10　はじめに　千田俊哉（KEK）

10:10-10:40　座学：Relion4-betaデータ解析〜２次元電顕像から初期３次元構造再構築まで〜

10:40-11:00　講演：AWSデータ解析環境の概要紹介と使い方　山田悠介（KEK）

11:00-11:20　実習：システムへのログイン、RELION起動、ジョブ実行

11:20-11:40　実習：プロジェクト作成、ドリフト補正処理開始

11:40-12:00　実習：ドリフト補正結果検証、CTF推定処理開始・結果検証

12:00-13:00　昼食

13:00–13:30　実習：手動粒子ピッキング

13:30–14:30　実習：自動粒子ピッキング処理開始・結果検証

14:30-14:45　実習：二次元クラス平均化処理開始

14:45-15:00　座学：二次元クラス平均化の基礎理論

15:00-15:30　休憩

15:30–16:00　講演：KEKクライオ電顕施設の紹介と利用方法　池田聡人（KEK）

16:00-16:30　実習：二次元クラス平均化処理結果検証、クラス選別、粒子抽出

16:30–16:45　実習：初期三次元構造再構築処理開始

16:45-17:30　招待講演：重松秀樹（理化学研究所）

17:30-17:45　実習：初期三次元構造再構築結果検証

18:00-19:00　懇親会（オンライン）

6月3日（金）

10:00-10:30　座学：Relion4-betaデータ解析(概要)〜電顕鏡画像の問題点とそれを解消する３次元分類と精密化〜

10:30-11:15　実習：三次元クラス分類処理開始

11:15-11:45　実習：三次元クラス分類処理結果検証、クラス選別、粒子抽出

11:45-12:00　実習：三次元精密化処理開始

12:00-13:00　昼食

13:00-13:30　実習：三次元精密化結果検証

13:30-14:00　実習：マスク作成と後処理開始・結果検証

14:00-14:30　実習：CTF精密化処理開始・結果検証、三次元精密化処理開始・結果検証

14:30-15:00　講演：クライオ電顕を初めて1年間で学んだこと　池田聡人(KEK)

15:00-15:30　休憩・写真撮影

15:30-16:00　実習：ベイズポリッシュ処理開始・結果検証、三次元精密化処理開始・結果検証

16:00-16:15　実習：掌性（handedness）検証

16:15-16:35　実習：crYOLO処理開始・結果検証

16:35-17:05　講演：Beyond Relion4 Tutorial　守屋俊夫（KEK）

17:05-17:35　実習：局所分解能推定処理開始・結果検証

17:35-17:45　終わりに　守屋俊夫（KEK）

【 問い合わせ】　

オーガナイザー

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

守屋俊夫

e-mail: toshio.moriya[at]kek.jp

事務局

増田千穂 

電話：029-879-6176

e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp

SBRC International Cryo-EM Seminar11

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SBRC International Cryo-EM Seminar No.11

(Joint seminar with Tsukuba Purification Forum )

Date:

9:30 AM – Thursday, April 21st, 2022 (JST), Zoom (Online)

(cf. 5:30 PM Wednesday, April 20th, 2022 (US MST) 

　　　　

Speaker

tom_univeresity_of_arizona

Thomas Tomasiak, Ph.D. 

Department of Chemistry and Biochemistry,

University of Arizona

Title:

Trapping allosteric regulatory states of ABC transporters for cryo-EM

(英語の後に、日本語での案内もあります。)

Dr. Thomas Tomasiak is currently the assistant professor at the Department of Chemistry and Biochemistry, University of Arizona. His primary research focuses on understanding the molecular mechanisms of the solute transport system across the membrane. He has recently published a series of impressive works on the ABC transport system and its regulation, combining biochemical and structural biology methods (Thaker et al. Nat. Chem. Biol. 2022, Khandelwal et al. Nat. Commun. 2022, etc.). In this presentation, he will present his latest work including sample preparation for functional/structural studies.

Biography

  • 2004, Biomedical Sciences, Grand Valley State University
  • 2011, PhD, Vanderbilt University (Prof. Tina Iverson)
  • 2010 – 2015, Postdoctoral Fellow, Prof. Robert Stroud group @ University of California – San Francisco (UCSF).
  • 2015 – 2017, Research Specialist, University of California – San Francisco (UCSF)
  • 2018 – Present, Assistant Professor, University of Arizona

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第11回　SBRC International Cryo-EM Seminar

JOINT SEMINAR with Tsukuba Purification Forum

日時：

2022年4月21日（木）午前9時30分～（日本時間）(Zoom Online)

(参照：2022年4月20日（水）午後5時30分（USA – MST時間）) 

スピーカー : Thomas Tomasiak, Ph.D. (アリゾナ大学)

タイトル : Trapping allosteric regulatory states of ABC transporters for cryo-EM

Thomas Tomasiak博士はアリゾナ大学のPIで膜輸送の分子メカニズムの解明を主に研究しています。最近では生化学と構造生物学の手法を組み合わせたABC transporterに関する研究を発表しています（Thaker et al. Nat. Chem. Biol. 2022, Khandelwal et al. Nat. Commun. 2022 等）。本講演ではABCトランポーターの最新の結果と共に、試料の調製、精製などについても話していただける予定です。

略歴

  • 2004, Biomedical Sciences, Grand Valley State University
  • 2011, PhD, Vanderbilt University (Prof. Tina Iverson)
  • 2010 – 2015, Postdoctoral Fellow, Prof. Robert Stroud group @ University of California – San Francisco (UCSF).
  • 2015 – 2017, Research Specialist, University of California – San Francisco (UCSF)
  • 2018 – Present, Assistant Professor, University of Arizona

SBRC International Cryo-EM Seminar 10

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Date:

31st, March (Thu), 2022, 09:00 am – 10:30 am

Location:

Online Zoom Meeting (Language: English)

　　　　

Speaker

Dr. Stephen Litster, PhD

Senior Manager-HCLS Compute Specialists, 

GTM Specialist Organization | GTMS, 

Amazon Web Services (AWS), USA.

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(英語の後に、日本語での案内もあります。)

In this presentation webinar, Dr. Stephen Litster, AWS Compute Specialist for Healthcare and Life Sciences, will talk about how customers are using High Performance Computing on AWS to scale and accelerate Structure Based Drug Discovery (SBDD), and how Structural Biotechnology and AWS partnered to enable structural biologists to deploy CryoSPARC in the cloud.

Biography

Steve is the Manager of the Healthcare and Life Sciences Compute Specialists team at AWS. After obtaining his PhD in Chemical Crystallography in 1992, he continued his research career at the University of Calgary (Canada), during which time, he was exposed to his first “super computer”-the Fujitsu VPX240, and realized the impact HPC could have on scientific discovery. This was followed by a move to Harvard University (USA) in 1998 working under the supervision of Professors Don Wiley and Steve Harrison in the area of macromolecular and computational crystallography. In 2004 he joined the Novartis Institutes for Biomedical Research as the Global lead for Scientific Computing, specializing in the application of High Performance, Data Analytics and Cloud Computing to advance drug discovery, where he remained for 14 years before joining AWS (USA) in 2020.

第10回　SBRC International Cryo-EM Seminar

AWSヘルスケア・ライフサイエンス・コンピューティングスペシャリストのStephen Litster博士が、AWSの顧客ユーザーが同社のハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）を使用して構造に基づく医薬品設計（SBDD、Structure Based Drug Discovery）をスケーリング・高速化した方法と、構造バイオテクノロジーとAWSの連携により構造生物学に関わる研究者がCryoSPARCをクラウドに容易にデプロイすることができるようにした事例を紹介します。

略歴

Steveさんは、現在AWSのヘルスケア・ライフサイエンス・コンピューティングスペシャリスト・チームのマネージャーを務めています。1992年に化学結晶学の博士号を取得した後、カルガリー大学（カナダ）で研究者としてのキャリアを続け、その時に初めて「スーパーコンピュータ」〜富士通VPX240〜に触れ、HPCが科学の発見に与える影響を実感しました。その後、1998年にハーバード大学（米国）に移り、Don Wiley教授とSteve Harrison教授の指導の下、高分子結晶学と計算機結晶学の分野で研究を行いました。2004年にノバルティス生物医学研究所に科学計算のグローバルリードとして入社し、創薬の推進するためにハイパフォーマンス、データ分析、クラウドコンピューティングの応用を専門として14年間在籍した後、2020年にAWS（米国）に入社しました。

第5回 クライオ電顕解析初心者講習会〜データ処理〜

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クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION (Sjors Scheres, MRC-LMB)の最新バージョン(Relion4-beta)を中心としたデータ解析講習会を開催いたします。

【開催日時】

2022年3月10日（木）10:00～11日（金）17:45 終了予定

【会場】

オンライン開催（Zoom）

Zoomでの講習会にアクセスするためのリンク先アドレスは、参加登録時にお申込みいただきましたメールアドレスに、開催日が近づきましたら改めて個別にご案内をさせていただきます。

【応募〆切 2022年3月7日（月）15:00】

お申込みはこちら
申込みは締め切りました。

【募集対象と人数】

本講習会は、クライオ電子顕微鏡解析のご経験がないか、ほとんど無い方を対象としています。なお、学生の方は指導教員に了解を得ていただきますようお願いします。

定員：20名 （解析計算実行環境のリソースに限りがあるため、人数の制限をさせていただいています。若干増える可能性はあります。予め、ご了承ください。）

【参加条件】

今回の講習会は、クラウドコンピューター(AWS)上にRelionによる解析環境を開催者側で用意し、そこに参加者の皆様のパソコンからインターネットを通じてアクセスし、解析していただくことになります。従いまして、高性能のCPUやGPUを掲載したノートパソコンをご使用になる必要はございません。通常、ラボでデータ取りまとめ用などで使われているものでも、十分お使いいただけるものと考えています。Windows、Mac、どちらでも構いません。

民間企業の方のご出席につきましては、KEKのCryoEMコンソーシアム参加企業の方に限定させて頂いております。コンソーシアムへの入会は随時受付けておりますので、ご入会方法の詳細などについては下記の事務局連絡先までお気軽にお問い合わせください。

【参加費】

参加費：無料、その他の補助はありません。

【実習講師／インストラクター】

重松秀樹：理化学研究所/SPring-8

安達成彦：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

川崎政人：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

池田聡人：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

山田悠介：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

荒牧慎二：Tietz Video & Image Processing Systems GmbH

守屋俊夫：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

【関連事業】

創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム（BINDS）

【主催】

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

クライオ電顕ネットワーク

＊プログラムの変更があった場合は、随時更新します＊

【プログラム】

3月10日（木）

10:00-10:10　はじめに　千田俊哉（KEK）

10:10-10:40　座学：Relion4-betaデータ解析〜２次元電顕像から初期３次元構造再構築まで〜

10:40-11:00　講演：AWSデータ解析環境の概要紹介と使い方　山田悠介（KEK）

11:00-11:20　実習：システムへのログイン、RELION起動、ジョブ実行

11:20-11:40　実習：プロジェクト作成、ドリフト補正処理開始

11:40-12:00　実習：ドリフト補正結果検証、CTF推定処理開始・結果検証

12:00-13:00　昼食

13:00–13:30　実習：手動粒子ピッキング

13:30–14:30　実習：自動粒子ピッキング処理開始・結果検証

14:30-14:45　実習：二次元クラス平均化処理開始

14:45-15:00　座学：二次元クラス平均化の基礎理論

15:00-15:30　休憩

15:30–16:00　講演：KEKクライオ電顕施設の紹介と利用方法　安達成彦（KEK）

16:00-16:30　実習：二次元クラス平均化処理結果検証、クラス選別、粒子抽出

16:30–16:45　実習：初期三次元構造再構築処理開始

16:45-17:30　招待講演：重松秀樹（理化学研究所）

17:30-17:45　実習：初期三次元構造再構築結果検証

18:00-19:00　懇親会（オンライン）

3月11日（金）

10:00-10:30　座学：Relion4-betaデータ解析(概要)〜電顕鏡画像の問題点とそれを解消する３次元分類と精密化〜

10:30-11:15　実習：三次元クラス分類処理開始

11:15-11:45　実習：三次元クラス分類処理結果検証、クラス選別、粒子抽出

11:45-12:00　実習：三次元精密化処理開始

12:00-13:00　昼食

13:00-13:30　実習：三次元精密化結果検証

13:30-14:00　実習：マスク作成と後処理開始・結果検証

14:00-14:30　実習：CTF精密化処理開始・結果検証、三次元精密化処理開始・結果検証

14:30-15:00　講演：クライオ電顕を初めて1年間で学んだこと　池田聡人(KEK)

15:00-15:30　休憩・写真撮影

15:30-16:00　実習：ベイズポリッシュ処理開始・結果検証、三次元精密化処理開始・結果検証

16:00-16:15　実習：掌性（handedness）検証

16:15-16:35　実習：crYOLO処理開始・結果検証

16:35-17:05　講演：Beyond Relion4 Tutorial　守屋俊夫（KEK）

17:05-17:35　実習：局所分解能推定処理開始・結果検証

17:35-17:45　終わりに　安達成彦（KEK）

【 問い合わせ】　

オーガナイザー

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

守屋俊夫

e-mail: toshio.moriya[at]kek.jp

事務局

増田千穂 

電話：029-879-6176

e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp