SBRC International Cryo-EM Seminar No.11

(Joint seminar with Tsukuba Purification Forum )

Date:

9:30 AM – Thursday, April 21^st, 2022 (JST), Zoom (Online)

(cf. 5:30 PM Wednesday, April 20^th, 2022 (US MST) 

　　　　

Speaker

Thomas Tomasiak, Ph.D. 

Department of Chemistry and Biochemistry,

University of Arizona

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Title:

Trapping allosteric regulatory states of ABC transporters for cryo-EM

(英語の後に、日本語での案内もあります。)

Dr. Thomas Tomasiak is currently the assistant professor at the Department of Chemistry and Biochemistry, University of Arizona. His primary research focuses on understanding the molecular mechanisms of the solute transport system across the membrane. He has recently published a series of impressive works on the ABC transport system and its regulation, combining biochemical and structural biology methods (Thaker et al. Nat. Chem. Biol. 2022, Khandelwal et al. Nat. Commun. 2022, etc.). In this presentation, he will present his latest work including sample preparation for functional/structural studies.

Biography

• 2004, Biomedical Sciences, Grand Valley State University
• 2011, PhD, Vanderbilt University (Prof. Tina Iverson)
• 2010 – 2015, Postdoctoral Fellow, Prof. Robert Stroud group @ University of California – San Francisco (UCSF).
• 2015 – 2017, Research Specialist, University of California – San Francisco (UCSF)
• 2018 – Present, Assistant Professor, University of Arizona

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第11回　SBRC International Cryo-EM Seminar

JOINT SEMINAR with Tsukuba Purification Forum

日時：

2022年4月21日（木）午前9時30分～（日本時間）(Zoom Online)

(参照：2022年4月20日（水）午後5時30分（USA – MST時間）) 

スピーカー : Thomas Tomasiak, Ph.D. (アリゾナ大学)

タイトル : Trapping allosteric regulatory states of ABC transporters for cryo-EM

Thomas Tomasiak博士はアリゾナ大学のPIで膜輸送の分子メカニズムの解明を主に研究しています。最近では生化学と構造生物学の手法を組み合わせたABC transporterに関する研究を発表しています（Thaker et al. Nat. Chem. Biol. 2022, Khandelwal et al. Nat. Commun. 2022 等）。本講演ではABCトランポーターの最新の結果と共に、試料の調製、精製などについても話していただける予定です。

略歴

• 2004, Biomedical Sciences, Grand Valley State University
• 2011, PhD, Vanderbilt University (Prof. Tina Iverson)
• 2010 – 2015, Postdoctoral Fellow, Prof. Robert Stroud group @ University of California – San Francisco (UCSF).
• 2015 – 2017, Research Specialist, University of California – San Francisco (UCSF)
• 2018 – Present, Assistant Professor, University of Arizona

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Date:

31st, March (Thu), 2022, 09:00 am – 10:30 am

Location:

Online Zoom Meeting (Language: English)

　　　　

Speaker

Dr. Stephen Litster, PhD

Senior Manager-HCLS Compute Specialists, 

GTM Specialist Organization | GTMS, 

Amazon Web Services (AWS), USA.

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(英語の後に、日本語での案内もあります。)

In this presentation webinar, Dr. Stephen Litster, AWS Compute Specialist for Healthcare and Life Sciences, will talk about how customers are using High Performance Computing on AWS to scale and accelerate Structure Based Drug Discovery (SBDD), and how Structural Biotechnology and AWS partnered to enable structural biologists to deploy CryoSPARC in the cloud.

Biography

Steve is the Manager of the Healthcare and Life Sciences Compute Specialists team at AWS. After obtaining his PhD in Chemical Crystallography in 1992, he continued his research career at the University of Calgary (Canada), during which time, he was exposed to his first “super computer”-the Fujitsu VPX240, and realized the impact HPC could have on scientific discovery. This was followed by a move to Harvard University (USA) in 1998 working under the supervision of Professors Don Wiley and Steve Harrison in the area of macromolecular and computational crystallography. In 2004 he joined the Novartis Institutes for Biomedical Research as the Global lead for Scientific Computing, specializing in the application of High Performance, Data Analytics and Cloud Computing to advance drug discovery, where he remained for 14 years before joining AWS (USA) in 2020.

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第10回　SBRC International Cryo-EM Seminar

AWSヘルスケア・ライフサイエンス・コンピューティングスペシャリストのStephen Litster博士が、AWSの顧客ユーザーが同社のハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）を使用して構造に基づく医薬品設計（SBDD、Structure Based Drug Discovery）をスケーリング・高速化した方法と、構造バイオテクノロジーとAWSの連携により構造生物学に関わる研究者がCryoSPARCをクラウドに容易にデプロイすることができるようにした事例を紹介します。

略歴

Steveさんは、現在AWSのヘルスケア・ライフサイエンス・コンピューティングスペシャリスト・チームのマネージャーを務めています。1992年に化学結晶学の博士号を取得した後、カルガリー大学（カナダ）で研究者としてのキャリアを続け、その時に初めて「スーパーコンピュータ」〜富士通VPX240〜に触れ、HPCが科学の発見に与える影響を実感しました。その後、1998年にハーバード大学（米国）に移り、Don Wiley教授とSteve Harrison教授の指導の下、高分子結晶学と計算機結晶学の分野で研究を行いました。2004年にノバルティス生物医学研究所に科学計算のグローバルリードとして入社し、創薬の推進するためにハイパフォーマンス、データ分析、クラウドコンピューティングの応用を専門として14年間在籍した後、2020年にAWS（米国）に入社しました。

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クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の単粒子解析に興味はもっているものの、実際にご自身では解析されたことがない初心者の方を対象に、構造解析ソフトウェアRELION (Sjors Scheres, MRC-LMB)の最新バージョン(Relion4-beta)を中心としたデータ解析講習会を開催いたします。

【開催日時】

2022年3月10日（木）10:00～11日（金）17:45 終了予定

【会場】

オンライン開催（Zoom）

Zoomでの講習会にアクセスするためのリンク先アドレスは、参加登録時にお申込みいただきましたメールアドレスに、開催日が近づきましたら改めて個別にご案内をさせていただきます。

【応募〆切 2022年3月7日（月）15:00】

お申込みはこちら
申込みは締め切りました。

【募集対象と人数】

本講習会は、クライオ電子顕微鏡解析のご経験がないか、ほとんど無い方を対象としています。なお、学生の方は指導教員に了解を得ていただきますようお願いします。

定員：20名 （解析計算実行環境のリソースに限りがあるため、人数の制限をさせていただいています。若干増える可能性はあります。予め、ご了承ください。）

【参加条件】

今回の講習会は、クラウドコンピューター(AWS)上にRelionによる解析環境を開催者側で用意し、そこに参加者の皆様のパソコンからインターネットを通じてアクセスし、解析していただくことになります。従いまして、高性能のCPUやGPUを掲載したノートパソコンをご使用になる必要はございません。通常、ラボでデータ取りまとめ用などで使われているものでも、十分お使いいただけるものと考えています。Windows、Mac、どちらでも構いません。

民間企業の方のご出席につきましては、KEKのCryoEMコンソーシアム参加企業の方に限定させて頂いております。コンソーシアムへの入会は随時受付けておりますので、ご入会方法の詳細などについては下記の事務局連絡先までお気軽にお問い合わせください。

【参加費】

参加費：無料、その他の補助はありません。

【実習講師／インストラクター】

重松秀樹：理化学研究所/SPring-8

安達成彦：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

川崎政人：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

池田聡人：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

山田悠介：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

荒牧慎二：Tietz Video & Image Processing Systems GmbH

守屋俊夫：KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

【関連事業】

創薬等先端支援技術基盤プラットフォーム（BINDS）

【主催】

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

クライオ電顕ネットワーク

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＊プログラムの変更があった場合は、随時更新します＊

【プログラム】

3月10日（木）

10:00-10:10　はじめに　千田俊哉（KEK）

10:10-10:40　座学：Relion4-betaデータ解析〜２次元電顕像から初期３次元構造再構築まで〜

10:40-11:00　講演：AWSデータ解析環境の概要紹介と使い方　山田悠介（KEK）

11:00-11:20　実習：システムへのログイン、RELION起動、ジョブ実行

11:20-11:40　実習：プロジェクト作成、ドリフト補正処理開始

11:40-12:00　実習：ドリフト補正結果検証、CTF推定処理開始・結果検証

12:00-13:00　昼食

13:00–13:30　実習：手動粒子ピッキング

13:30–14:30　実習：自動粒子ピッキング処理開始・結果検証

14:30-14:45　実習：二次元クラス平均化処理開始

14:45-15:00　座学：二次元クラス平均化の基礎理論

15:00-15:30　休憩

15:30–16:00　講演：KEKクライオ電顕施設の紹介と利用方法　安達成彦（KEK）

16:00-16:30　実習：二次元クラス平均化処理結果検証、クラス選別、粒子抽出

16:30–16:45　実習：初期三次元構造再構築処理開始

16:45-17:30　招待講演：重松秀樹（理化学研究所）

17:30-17:45　実習：初期三次元構造再構築結果検証

18:00-19:00　懇親会（オンライン）

3月11日（金）

10:00-10:30　座学：Relion4-betaデータ解析(概要)〜電顕鏡画像の問題点とそれを解消する３次元分類と精密化〜

10:30-11:15　実習：三次元クラス分類処理開始

11:15-11:45　実習：三次元クラス分類処理結果検証、クラス選別、粒子抽出

11:45-12:00　実習：三次元精密化処理開始

12:00-13:00　昼食

13:00-13:30　実習：三次元精密化結果検証

13:30-14:00　実習：マスク作成と後処理開始・結果検証

14:00-14:30　実習：CTF精密化処理開始・結果検証、三次元精密化処理開始・結果検証

14:30-15:00　講演：クライオ電顕を初めて1年間で学んだこと　池田聡人(KEK)

15:00-15:30　休憩・写真撮影

15:30-16:00　実習：ベイズポリッシュ処理開始・結果検証、三次元精密化処理開始・結果検証

16:00-16:15　実習：掌性（handedness）検証

16:15-16:35　実習：crYOLO処理開始・結果検証

16:35-17:05　講演：Beyond Relion4 Tutorial　守屋俊夫（KEK）

17:05-17:35　実習：局所分解能推定処理開始・結果検証

17:35-17:45　終わりに　安達成彦（KEK）

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【 問い合わせ】　

オーガナイザー

KEK・物質構造科学研究所・構造生物学研究センター

守屋俊夫

e-mail: toshio.moriya[at]kek.jp

事務局

増田千穂 

電話：029-879-6176

e-mail: cmasuda[at]post.kek.jp

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